Ambientada en el año 2154, los acontecimientos que narra se desarrollan en Pandora, una luna del planeta Polifemo habitada por una raza humanoide llamada na'vi, con la que los humanos se encuentran en conflicto debido a que uno sus clanes se encuentra asentado alrededor de un gigantesco árbol que cubre una inmensa veta de un mineral muy cotizado y que supondría la solución a los problemas energéticos de la Tierra: el unobtainium. Jake Sully, un marine que quedó parapléjico, es seleccionado para participar en el programa Avatar, un proyecto que transporta la mente de los científicos a unos cuerpos artificiales de na'vi para que así la comunicación con los nativos resulte más sencilla. A pesar del fin científico del proyecto, el coronel Quaritch, quien dirige la defensa de la base humana en Pandora, convence a Jake para que le proporcione información sobre los nativos en caso de que fuera necesario recurrir a la fuerza para que se marchen. En un principio, Jake cumple profesionalmente su misión, pero se enamora de una de las nativas, Neytiri, y se da cuenta de que éstos jamás renunciarán a su tierra, haciendo inevitable un conflicto armado; en él deberá decidir de qué lado está.
Argumento
Jake Sully, un marine veterano de guerra y herido en combate que queda parapléjico, es seleccionado para participar en el programa Avatar ocupando el puesto que, como científico, ejercía su hermano gemelo recién fallecido. De esta forma, Jake es trasladado a Pandora, una luna del planeta Polifemo cuya atmósfera es tóxica para los humanos y que, además de albergar una asombrosa biodiversidad, está habitada por los na'vi, una raza humanoide de piel azul y con algunos rasgos felinos.[13] Los humanos se encuentran en conflicto con los nativos del clan Omaticaya debido a que están asentados alrededor de un gigantesco árbol, conocido por ellos como Árbol Madre, que cubre una inmensa veta de un mineral muy cotizado: el unobtainium. La existencia de dicho mineral ha llevado a una empresa privada a crear un proyecto de explotación de recursos minerales, dirigido por Parker Selfridge en lo civil y por el coronel Miles Quaritch en lo militar.
Las mentes de Jake y de unos científicos liderados por la doctora Grace Augustine, cuyos únicos intereses están en la cultura de los Omaticaya y en el estudio de la luna, son trasladadas a los cuerpos artificiales de unos na'vi creados genéticamente (avatares) mientras ellos permanecen inconscientes en cabinas de enlace. De esta forma, la comunicación con los nativos resultaría más sencilla y así podrían convencerles pacíficamente de que abandonen el Árbol Madre. Por su parte, el coronel Quaritch convence a Jake para que le proporcione información sobre los nativos en caso de que fuera necesario recurrir a la fuerza para que se marchen, y él como recompensa le promete que podrá recuperar sus piernas inválidas.
Jake, Grace y el doctor Norm Spellman son llevados a la selva de Pandora por la piloto Trudy Chacón. Mientras los doctores examinan la vegetación, Jake es perseguido por una bestia y, como resultado, cae a un río y se pierde. Mientras intenta orientarse, le está espiando Neytiri, princesa del clan Omaticaya, que está a punto de matarle, pero entonces una semilla del Árbol de las Almas, un árbol sagrado para los na'vi, se posa en la punta de su flecha; Neytiri lo interpreta como una señal, así que decide dejar vivir a Jake y acaba salvándole la vida al ser atacado por una manada de animales. Cuando la navi está decidiendo qué hacer con Jake, decenas de semillas del Árbol de las Almas se posan en él, por lo que Neytiri decide llevarle con los suyos. Los Omaticaya, liderados por Eytukan, el padre de Neytiri, no se fían de Jake, ya que han tenido malas experiencias en otras ocasiones con la «gente del cielo» que quería aprender de ellos, pero Moat, la líder espiritual y madre de Neytiri, nota algo especial en el marine y acepta que se quede para aprender a ser un navi bajo la enseñanza de su hija.
Pasan las semanas y Jake cada vez pasa más tiempo con los navi, maravillándose por su cultura y sus capacidades y, como resultado, empieza a olvidar su misión e incluso su vida como humano. Grace también es aceptada por los Omaticaya. Cuando sólo falta un día para la ceremonia en la que Jake se convertirá en parte del clan, Quaritch le comunica que su misión ha acabado y que puede regresar a la Tierra para que le curen. Sin embargo, él le pide que le deje estar en la ceremonia, diciéndole que si se convierte en uno de ellos podrá convencer a los Omaticaya de que se vayan. Tras la ceremonia, Neytiri lleva a Jake al Árbol de las Almas, donde le muestra la conexión que pueden tener con Eywa, su deidad. En ese lugar, Jake y Neytiri se sinceran sobre sus sentimientos y se unen como pareja.
A la mañana siguiente, los humanos comienzan a talar el bosque. Jake trata de impedirlo, pero al hacerlo le identifican, y Quaritch, furioso, le desconecta a él y a Grace de sus cabinas y amenaza con destruir Árbol Madre si no consiguen que los Omaticaya se vayan en una hora. De vuelta a su avatar, Jake les cuenta a todos los miembros del clan la verdad y, furiosos, les atan a él y a la doctora. Una hora después, Quaritch y sus hombres derriban Árbol Madre y vuelven a desconectarles, encarcelándoles esta vez junto al doctor Norm, quien intentó ayudarles. Los Omaticaya se marchan de su destruido hogar, llevándose el avatar inconsciente de Grace, pero abandonando allí el de Jake.
La piloto Trudy Chacón consigue liberar a Jake, Grace y Norm y les lleva hasta otra unidad de cabinas de enlace para que vuelvan a sus avatares y ayuden a los na'vi. Durante la huída, el coronel les descubre y alcanza a Grace con un disparo. Una vez a salvo, Jake reflexiona sobre qué hacer para que los Omaticaya vuelvan a confiar en él y se propone montar a la bestia alada que conocen como toruk. Según una historia que le contó Neytiri, ésta es la criatura más peligrosa de Pandora y quien pueda domarla traería la paz a los na'vi. Tras lograr su objetivo, Jake se dirige al Árbol de las Almas y los Omaticaya, al verle a lomos del toruk, le perdonan. Entonces les pide ayuda para curar a Grace e inician un ritual para trasladar la mente de la moribunda Grace a su avatar, completamente sano; no obstante y debido a que está muy débil, la doctora fallece. Encolerizado, Jake les pide a los Omaticaya que le acompañen para reunir a los otros clanes na'vi y para luchar contra el ejército de los humanos. Poco antes del enfrentamiento, Jake le ruega a Eywa que les ayude, pero Neytiri le dice que su deidad nunca interviene y sólo mantiene el equilibrio de la vida.
Los navi, ayudados por Norm en su avatar y Trudy en su nave, tratan de combatir a los militares, pero no pueden hacer casi nada contra su armamento. Trudy y Tsu'tey mueren durante la batalla. Sin embargo, Eywa, quien había escuchado las plegarias de Jake, envía a todas las criaturas de Pandora a atacar a los humanos, mientras Jake consigue destruir sus dos naves principales. El coronel Quaritch, lejos de rendirse, llega hasta el lugar donde se encuentra el Jake humano y, a pesar de los esfuerzo de Neytiri y del Jake na'vi, logra averiar la cabina de enlace. Neytiri logra matar a Quaritch con su arco e intenta ayudar al inconsciente Jake na'vi, pero pronto se da cuenta de que el auténtico Jake se está muriendo ahogado en la cabina y consigue ponerle una máscara antigás.
Parker Selfridge y el personal militar son expulsados de Pandora, mientras que a Jake, Norm y los científicos que estudian Pandora se les permite quedarse. La película finaliza cuando la mente de Jake es traspasada en su avatar na'vi de forma permanente por el Árbol de las Almas.
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